Kesslerjev globoček je majhna riba velikih rek, ki naseljuje predvsem hitre vodne odseke s prodnatim ali kamnitim dnom. Takšni odseki so potrebni za njegovo prehranjevanje in drst, saj je vrsta močno vezana na naravno rečno dinamiko z brzicami in stabilnimi prodnatimi substrati. Zelo je občutljiva na spremembe vodnega režima, saj upočasnitev toka, zajezitve in izguba prodnatih struktur pomenijo neposredno izgubo primernega habitata. Zajezitve so v Sloveniji povzročile izginotje vrste iz spodnjega toka Save, zaradi česar so populacije v rekah Krki, Sotli in Mirni danes izolirane. Vrsta je prisotna tudi v reki Muri, ki z ohranjenimi odseki hitrejšega toka in prodnatega dna ponuja primerne habitate. Vendar so tudi na Muri deli reke izpostavljeni hidromorfološkim pritiskom, podobno kot drugod v njenem arealu.

Glavne grožnje Kesslerjevemu globočku vključujejo hidromorfološke spremembe, zlasti gradnjo jezov, regulacije, odstranjevanje naplavin, posege v strugo, neprehodne pregrade, zmanjšanje obrežne vegetacije ter onesnaževanje in odvzeme vode. Posegi brez ustreznih strokovnih smernic lahko vodijo v uničenje ali slabšanje kakovosti habitata. Za ohranitev vrste je ključna zaščita naravne hidromorfologije rek, ohranjanje brzic in prodnatih odsekov ter usklajeno načrtovanje vseh posegov v vodni prostor.